Aalborg là nơi cư ngụ của các người Viking từ trên 1.000 năm trước, do vị trí thuận lợi cho việc giao thương buôn bán vì nằm bên bờ Vịnh hẹp Limfjorden.

Trong thời trung cổ, Aalborg phát triển thịnh vượng và là một trong các thành phố lớn nhất Đan Mạch. Sự thịnh vượng được tăng lên khi năm 1516 Aalborg được cấp độc quyền buôn bán cá trích muối. Việc đánh bắt cá trích đã nối giao thương giữa Aalborg với bờ phía đông nước Anh ngang qua Bắc Hải.

Aalborg được cấp đặc quyền thương trấn năm 1342 và năm 1554 trở thành trụ sở giáo phận (Quốc giáo).

Aalborg bị Thụy Điển chiếm đóng từ 1643-1658 trong cuộc chiến tranh với Thụy Điển tới khi ký Hòa ước Copenhagen (1658).

Trong thế chiến thứ hai, Sân bay và thành phố Aalborg bị lính nhảy dù Đức quốc xã chiếm đóng rất sớm, vì Sân bay đó là vị trí chiến lược để bay tới Na Uy.

Hội nghị đầu tiên về Các thành phố phát triển bền vững (Sustainable Cities and Towns) của châu Âu được tổ chức ở Aalborg năm 1994. Hội nghị này thông qua Hiến chương Aalborg (Aalborg Charter) (http://ec.europa.eu/environment/urban/pdf/aalborg_charter.pdf), làm khuôn khổ cho việc phát triển các thành phố địa phương và kêu gọi các giới chức địa phương tham gia vào tiến trình Agenda 21.

Hội nghị lần thứ 4 về các thành phố châu Âu phát triển bền vững ("Aalborg +10": http://www.aalborgplus10.dk/), cũng tổ chức ở Aalborg năm 2004, chấp nhận Các cam kết ràng buộc Aalborg +10 (Aalborg +10 Commitments). Các cam kết ràng buộc này là bước tiến quan trọng dẫn tới việc phát triển đô thị bền vững từ lời nói sang hành động.